Menjadi Sekolah Islam, MI Muhammadiyah 28 Surabaya tentu memiliki fasilitas penunjang ibadah sholat dan mengaji.
Dilantai dua terdapat Masjid Baitul Halim. Setiap pagi, Masjid digunakan untuk Sholat Dhuha, Sholat Dhuhur, dan Sholat Ashar secara berjamaah dan mengaji.
Kemudian area sekitar Masjid juga bisa dibuat tempat pembelajaran ataupun arena bermain saat jam istirahat.
Selain selalu dibersihkan, para anak didik juga diberi tahu tidak boleh makan dan minum di area sekitar Masjid.
Dengan mengatur jam dan aktivitas dipastikan Masjid tetap terjaga kesucian.
